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Als Jessica in ihrem Hotel in London eine Leiche entdeckt, scheint Inspektor Stillwell diesen Fund vertuschen zu wollen und verhindert sogar konsequent Jessicas eigene Ermittlungen...

Auf der Hochzeit des TV-Stars Joanna Rollins mit dem älteren Millionär Bowman kommt es zu einem peinlichen Zwischenfall. Joannas Ex-Liebhaber Devon bedroht das Brautpaar und kündigt an, es zu ermorden. Auch Jessica bekommt den Eklat mit. Als Bowman wenig später tot aufgefunden wird, gerät Devon unter Tatverdacht. Natürlich will Jessica wissen, was es mit dem merkwürdigen Fall auf sich hat.

Das Team ermittelt gegen einen SEAL namens Thomas Argento. Laut zwei Navy SEALs soll er während eines Einsatzes in Kandahar in Afghanistan einen unbewaffneten Gefangenen kaltblütig getötet haben. Um die Angelegenheit zu untersuchen, reisen Sam, Callen und FBI-Spezialagent Devin Roundtree nach Afghanistan. Deeks und Kensi bleiben zurück, um mit den beiden Zeugen zu sprechen.

Das NCIS-Team erhält die Aufgabe, nach einem russischen Bomber namens "The Bear" zu suchen, der vor der Küste Kaliforniens verschwunden ist. Die Ermittler müssen herausfinden, ob das Flugzeug auf einer Trainingsmission war oder mit Atomsprengköpfen ausgerüstet ist, bevor die Russen das Flugzeug zerstören können. Indessen gibt Hetty der Nachrichtenanalystin Nell eine rätselhafte Aufgabe.

Das Team des Navy CIS macht sich auf die Suche nach einem Zeugen, der in einem Fall vor dem Kriegsgericht durch entscheidenden Wendung führen könnte. Thomas Argento wird in dem Verfahren vorgeworfen, eine wehrlose Person ermordet zu haben. Doch es hat sich herausgestellt, dass es ein falsches Geständnis gab. Nun liegt es an den Agenten, welches Urteil am Ende gefällt wird.

Ein Einbrecher wurde erschossen. Castle erscheint der Fall langweilig, und Detective Beckett geht die Sache routiniert an. Aber dann liefert die Ballistik einen Fakt, der alles in ein anderes Licht stellt: Die Waffe, mit der der Einbrecher erschossen wurde, ist die gleiche, mit der auf Montgomerys Beerdigung auf Beckett geschossen wurde. Während Beckett nun wie besessen ermittelt, macht sich Castle große Sorgen.

Beckett und Castle möchten ein paar romantische Stunden in Zweisamkeit verbringen. Daraus wird zunächst nichts, weil ein Killer namens Maddox auf Beckett angesetzt wurde. Während Ryan und Esposito versuchen, die Spur des Killers aufzunehmen, ist Castle in höchstem Maße besorgt. Er will Beckett beschützen und vergisst dabei, dass seine Freundin sehr gut auf sich selbst aufpassen kann.

Eine junge Frau wurde erschossen aufgefunden. Sie ist in einer Wohnung verblutet und hat vor ihrem Tod mit ihrem Blut die Nachricht "LIE" auf dem Boden hinterlassen. Der mysteriöse Fall führt Beckett und Castle in ein Lagerhaus, wo Dinge aus Lagerräumen von säumigen Mietern versteigert werden. Unterdessen bereitet sich Castles Tochter Alexis auf ihren Auszug ins Studentenwohnheim vor.

Während Castle und Beckett bemüht sind, ihre Beziehung vor Ryan und Esposito geheimzuhalten, müssen sie den Fall der ermordeten Wetterfee Mandy Michaels bearbeiten. Die Mördersuche wird dadurch erschwert, dass scheinbar niemand ein Motiv hatte, um Mandy zu töten. Somit fehlt jeglicher Ermittlungsansatz. Beckett befragt alle Mitarbeiter des TV-Senders. Castle flirtet indessen mit einer Reporterin.

James Swan, Gitarrist der Rockband "Holy Shemp", wird tot im Tour-Bus aufgefunden, erschlagen mit seiner Lieblingsgitarre. Beckett und ihr Team werden bei ihren Ermittlungen von einem Filmteam auf Schritt auf Tritt verfolgt. Das Team hat zunächst Hoffnung, dass die Aufnahmen helfen, den Täter zu finden. Die Spuren führen zu John Campbell, einem Anführer einer Sekte, in der das Opfer Mitglied war.

Castle und Beckett fahren in die Hamptons, wo sie heimlich ein romantisches Wochenende verbringen wollen. Doch dazu kommt es nicht: Ein Mann wird erschossen und stürzt vor ihren Augen in den Swimmingpool. Nach Ansicht der örtlichen Polizei soll ein Junkie den Mann, bei dem es sich um den Ex-Banker Randall Franklin handelt, umgebracht haben. Beckett und Castle haben allerdings eine andere Vermutung.

Die Leiche von Tessa Horton wurde von ihrer Mitbewohnerin gefunden. Der Täter hat die junge Frau mit Stacheldraht an der Decke befestigt. Beckett und ihr Team finden überraschende Beweise: Fingerabdrücke, die Castle gehören. Alles deutet darauf hin, dass Castle etwas mit dem Ritualmord zu hat. Als seine Kollegen ihn als mutmaßlichen Mörder festnehmen, beteuert er jedoch, unschuldig zu sein.

Auf einer Science-Fiction-Convention, die jedes Jahr stattfindet, wurde auf einer nachgebauten Kommandobrücke die Leiche der Organisatorin Audrey O'Neill entdeckt. Bei der Obduktion der Leiche gibt die Mordwaffe dem Gerichtsmediziner Rätsel auf. Offenbar wurde Audrey von einem Laserstrahl getroffen. Castle ist ein Fan von guter Sci-Fi, doch über die TV-Serie "Nebual-9" macht er sich nur lustig.

Ein Abendessen mit Becketts Eltern Jim und Martha gipfelt in einer Katastrophe. Da kommt Castle und ihr der neue Mordfall gerade recht: Der Geistliche Joe McMurtry wurde erschossen. Um die Hintergründe des Mordes zu klären, befragen sie Mickey Dolan, einen Kriminellen, mit dem McMurtry befreundet war. Als Castle und Beckett einen Augenzeugen aufsuchen, werden sie von Gangstern überfallen.

Als kurz vor Weihnachten ein Mann in einem roten Nikolauskostüm im Central Park vom Himmel fällt, führen die Spuren Castle und Beckett in eine Schule für professionelle Weihnachtsmänner. Sie finden heraus, dass das Opfer Dreck am Stecken hatte: Mit seinem Freund Dave Dunne hatte der Tote kurz zuvor einen heftigen Streit, doch Dunne hat zum Zeitpunkt des Mordes ein wasserdichtes Alibi.

Eines Tages tauchen auf der ganzen Erde seltsame grosse runde Gebilde auf. Dabei handelt es sich um ausserirdische Sphären, die bei der Menschheit für Unruhe und Panik sorgen. Aus einer dieser Sphären entsteigt der Ausserirdische Klaatu, der über seine Absichten zunächst nur wenig durchschimmern lässt. Kommt er in friedlicher Mission oder stellt er eine Bedrohung für die gesamte Menschheit dar? Die US-Regierung stellt eine Gruppe von Wissenschaftlern zusammen, die der Sache auf den Grund gehen soll. Unter ihnen ist auch die Biologin Helen.

Sonny steht vor seiner bislang schwierigsten Rettung, als das Team ein Minenfeld auf dem Meeresgrund entdeckt.

Sonny, Laka und Kainalu müssen Felsenspringer retten, während Will und Em versuchen ihre Beziehung hinter sich zu lassen.